Apellido hijos.

Buenas les comento la situación, mi hermano tuvo hace unos días a sus hijos y quiere anotarlos con su apellido materno y el paterno de la madre pero le dicen que sólo puede inscribirlos con apellidos paternos. Yo había entendido que con el nuevo código civil tenían el mismo peso ambos apellidos por lo que podría anotarlos con cualquiera, es así? Muchas gracias